באגף השכר החלה פועלת יחידת חקירות, האמונה על הפעלת הדין המשמעתי נגד בעלי תפקידים בגופים המתוקצבים והנתמכים, אשר הנהיגו הטבות שכר בניגוד להוראות סעיף 29 לחוק יסודות התקציב, התשמ"ה – 1985.
הממונה על השכר שואב את סמכותו החוקית לפקח על כ- 700 גופים מתוקצבים ונתמכים מכוח סעיף 29 לחוק יסודות התקציב, התשמ"ה-1985, הקובע כי גופים אלו לא יחרגו מתנאי השכר, העבודה, והפרישה הנוהגים ביחס לכלל עובדי המדינה, אלא באישור שר האוצר שהאציל סמכות אישור זו לממונה על השכר.
יחידת האכיפה באגף השכר שהוקמה מכוח החלטת הממשלה 2101, בשנת 1998, ריכזה במרוצת השנים את הפעולות הנדרשות לצורך איתור ואכיפת חריגות השכר בגופים המתוקצבים והנתמכים ובאמצעות שימועים הסכמות והחלטות ממונה חדלו הגופים מתשלומי שכר וגמלה חורגים, פעולות שהביאו לחיסכון המוערך בכארבעה מיליארד ₪ לקופת הגופים.
יחידת החקירות הוקמה אף היא מכוח החלטת הממשלה דלעיל, ועיקר עיסוקה באיתור מאשרי חריגות שכר וסרבני יישום הוראות הממונה, תוך ביצוע כל הפעולות המתחייבות להעמדתם לדין משמעתי.
עם הקמת יחידת החקירות, מוטת כנפי אכיפת הוראות חוק יסודות התקציב גדלה, ומתפרשת על מאשרי ומקבלי חריגות השכר כאחד.
אנו תקווה כי תגדל תחושת אחריותם של בעלי התפקידים המשפיעים במישרין או בעקיפין על תשלום השכר בגופים, בכל הנוגע להקפדה על הוראות חוק יסודות התקציב ושמירה על מדיניות שכר ראויה.