שלב ראשון

צוות יחידת האכיפה אוסף חומר לשם עריכת בדיקה בגוף המתוקצב או הנתמך, בין אם בדיקה ספציפית בנוגע לעובד מסוים ובין אם בדיקה מקיפה. הבדיקה נערכת באמצעות ביקורת, בה נבחנים כל ההסכמים והנוהגים המקומיים המונהגים בגוף וכל תלושי השכר והגימלאות של העובדים והגימלאים.

קבלת המידע הראשוני מתבצעת במספר אופנים: ביקורות שכר יזומות, הדו"ח השנתי של הממונה על השכר, מידע אנונימי, תקשורת ועוד.

שלב שני

מאותרות חריגות שכר לכאורה המשולמות לעובדים או לגימלאים בניגוד לסעיף 29 לחוק יסודות התקציב התשמ"ה- 1985 ובניגוד להסכמים הקיבוציים המאושרים (לדוגמא: בשלטון המקומי- ההסכם הקיבוצי מיום 3/3/99 לטיפול בחריגות שכר שנחתם בין הסתדרות העובדים הכללית לבין מרכז השלטון המקומי ואחרים).

שלב שלישי

לאחר איתור חריגות השכר, מכין צוות האכיפה מכתב המזמן לשימוע את הגוף והעובד או הגימלאי ובו מתוארים בפירוט תנאי השכר וההעסקה הנוגדים לכאורה את הוראות סעיף 29 לחוק יסודות התקציב (ראו את ההליכים המפורטים בנדון בסעיף 29א לחוק).

כל רכיב בשכר, בגימלה או בתנאי העבודה או הפרישה החורג לכאורה מן הנוהג לגבי כלל עובדי המדינה מופיע במכתב בנפרד ולגבי כל סעיף מתבקשת תגובת העובד והגוף בתוך 30 יום, בצירוף נימוק ואסמכתאות לתשלום אותה חריגת שכר לכאורה.

כמו כן העובד או הגימלאי והגוף נדרשים להתייחס לנושא השבת הכספים שהתקבלו שלא כדין.

שלב רביעי

לאחר קבלת תגובות העובד או גימלאי והגוף מתקיימת התייעצות פנימית באגף השכר והסכמי עבודה בשיתוף פרקליטות המדינה לצורך גיבוש החלטה באשר לדינו של כל רכיב ורכיב, תוך התחשבות בנתוניו האישיים של כל עובד או גימלאי ומתן הדעת לנסיבות ומקרים מיוחדים.

שלב חמישי

צוות יחידת האכיפה מעביר את הממצאים וההמלצות לממונה על השכר. לאחר שהממונה בוחן את החומר שהובא לפניו הוא חותם על החלטה. החלטת הממונה על השכר מתקבלת מכח סעיף 29 ב לחוק יסודות התקציב ומחייבת את הגוף לפעול לביטול התשלום החורג או הפחתת וכן לדרוש מן העובד או הגימלאי להשיב תשלומים חורגים שקיבל בעבר.

שלב שישי

צוות יחידת האכיפה מוודא, כי ההחלטה מיושמת.במקרים בהם משיגיים על החלטת הממונה באמצעות פנייה לבית דין לעבודה, מתקיים הליך משפטי כאשר פרקליטות המדינה מייצגת את עמדת הממונה על השכר. נציגי יחידת האכיפה משמשים כעדים בתיקים אלה.